Còi xương không chỉ ảnh hưởng đến hệ xương mà còn ảnh hưởng đến hệ thần kinh, cơ.
Các biểu hiện sớm của bệnh còi xương là những biểu hiện ở hệ thần kinh: trẻ hay quấy khóc, ngủ không yên giấc hay giật mình, ra mồ hôi trộm, rụng tóc phía sau đầu. Dần dần xuất hiện các triệu chứng ở xương.

- Ở trẻ nhỏ: xương sọ mềm, đầu dễ bị méo mó, đầu bẹt ở phía sau hoặc một bên do tư thế nằm. Thóp rộng, chậm liền. Răng mọc chậm
- Ở trẻ lớn hơn: đầu to có bướu, ngực dô phía trước như ngực gà. Xương sườn gồ lên ở phần nối giữa sụn và xương được gọi là chuỗi hạt sườn: các xương chi xuất hiện vòng cổ tay, vòng cổ chân.
- Các cơ nhẽo làm trẻ chậm biết lẫy, bò, ngồi, đứng, đi.
Nếu như không điều trị kịp thời sẽ để lại di chứng ở hệ xương như: lồng ngực biến dạng, gù vẹo cột sống, chân tay cong, chân vòng kiềng ( chữ O) hoặc chữ bát ( chữ X), khung chậu hẹp.
Các biến dạng của xương làm giảm chiều cao của trẻ, hạn chế chức năng hô hấp, thay đổi dáng đi và ảnh hưởng xấu đến sinh đẻ sau này nếu là con gái.,

